Johann Pflügler nasce il 30 settembre 1909 a Niederroth. Dal 1912 visse con i genitori e i cinque fratelli in una piccola fattoria in Schleißheimer Straße. Suo padre doveva guadagnare soldi extra presso la fabbrica di cartone Schuster. Johann in realtà voleva diventare calzolaio. La famiglia non poteva permettersi l'apprendistato, così imparò il mestiere di calzolaio alla Kraus-Maffei di Allach. In seguito lavorò come caporeparto presso questa azienda. Negli anni '20, periodo economicamente difficile, rimase temporaneamente disoccupato.
Partecipava a raduni politici e simpatizzava per il movimento comunista. Hans, come era conosciuto, era sposato e padre di quattro figli, il quarto dei quali nacque solo un mese dopo il suo assassinio. Durante l'ondata di arresti di dissidenti politici dell'aprile 1933, fu arrestato e imprigionato per otto settimane nella prigione del tribunale del distretto di Dachau a causa dei suoi contatti con i comunisti.
Il suo lavoro in un'importante fabbrica di armamenti salvò Hans Pflügler dal servizio militare.
Il 28 aprile 1945, insieme ad altri abitanti di Dachau, rispose all'appello della Freiheitsaktion Bayern e il gruppo occupò il municipio per impedire la difesa della città. La rivolta fu sedata e Johann Pflügler fu fucilato dalle SS il 28 aprile 1945.
